A l'origine, un autel qui a subsisté fut élevé ici par les Sicules au VIII ème siècle av J-C. Au V ème siècle av J-C, il fut transformé en temple dédié à Athéna en l'honneur de la déesse après la victoire à Himeria contre les carthaginois (480 av JC).
Ce temple célèbre dans toute la méditérranée avait des portes rehaussées d'or et d'ivoire, des fresques illustraient les combats contre les carthaginois, et il était surmonté d'une statue d'Athéna en or.

Au VII ème siècle, le temple se retrouve recouvert d'un édifice chrétien. Des murs sont montés entre les colonnes extérieures, huit arcades sont montées dans la cella du temple, donnant sur les deux nefs latérales ainsi obtenues.